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隨著科技的飛速進步，人工智能（AI）與分子模擬技術已成為研發領域的重要推動力。在此背景下，菲鵬集團旗下的菲鵬數輝憑借其在AI與分子模擬領域的深厚積累和前沿技術，正引領著新一輪創新浪潮。

近日，在上海舉行的AIBC大會上，菲鵬數輝首度亮相AI蛋白質動態構象預測新品——DeepConformer，引來現場熱議，菲鵬數輝創始人兼首席科學家馬步勇教授也做了關于AI蛋白質動態構象預測這一前沿課題的主題演講。后續的演講者，也在分享中引用到馬步勇教授的一些研究發現和思考。

此次有幸邀約到馬步勇教授接受專訪，近距離聆聽智者智慧并分享對話，以饗讀者。

馬步勇教授擁有豐富的國際學術背景，曾在美國佐治亞大學攻讀化學博士，并在美國國家衛生研究院（NIH）從事計算生物學研究長達20余年，2020年回國任上海交通大學藥學院長聘教授。2022年，他擔任菲鵬數輝的首席科學家，致力于將AI與分子模擬技術應用于前沿設計、蛋白質工程等前沿領域。

本次采訪圍繞馬步勇教授的個人背景、菲鵬數輝的發展理念、AI在前沿設計中的應用以及“構象選擇機制”靶點理論的創新之處等方面展開，以期為讀者提供深入了解AI與分子模擬技術在前沿領域應用的機會，以下為訪談內容。

菲鵬數輝創始人兼首席科學官馬步勇

01

看到AI與生物科學結合的巨大可能性

問：馬教授您好，請和大家介紹下您的背景和經歷。

菲鵬數輝馬步勇：1991年，我進入佐治亞大學，當時正是計算機技術在計算化學、人工智能領域取得突破的重要時刻。依托學校強大的計算化學研究實力，我選擇了量子計算化學作為博士研究方向，并深入分子力學研究。隨后，我加入美國NIH國家衛生研究院，專注于蛋白質結構與功能的計算生物學研究達20余年，為我在生物科學的計算應用方面積累了深厚的理論與實踐經驗。2020年，我返回上海，帶領團隊繼續推進計算化學與生物學研究，致力于健康設計和科學研究。

問：作為菲鵬數輝首席科學家，您眼中它的發展理念是怎樣的？

菲鵬數輝馬步勇：菲鵬數輝（Fapon Digiwiser）專注于AI與分子模擬（MD）技術，在生物技術、大分子、蛋白質工程和合成生物學領域發揮關鍵作用。其發展理念涵蓋創新驅動、人才培養和引進，以及合作共贏。通過技術創新，菲鵬數輝致力于提升前沿設計和生物工程的效率和準確性，并不斷優化模擬技術。公司吸引多學科人才，與國內外機構合作，推動前沿科學發展，同時提供定制化服務，滿足市場需求，保持行業領先地位。

02

讓菲鵬數輝專注于AI結合分子模擬的前沿模式

問：馬教授，您是如何將人工智能技術應用于前沿設計的，能否介紹一些具體案例？

菲鵬數輝馬步勇：菲鵬數輝專注結合AI和分子模擬技術，應用于前沿設計。通過AI分析分子軌跡和分子模擬優化，我們成功改造了針對淀粉樣多肽Α-β的抗體，對抗蛋白質構象疾病，取得顯著成果。此外，我們還開展了核酸適配體設計和mRNA疫苗遞送優化工作，旨在提高穩定性、增強抗體滴度，推動技術發展。

03

構象選擇理論帶來前沿設計底層邏輯的變革

問：您提出的“構象選擇機制”靶點理論有什么創新之處，它對健康設計和優化有什么實際影響？

菲鵬數輝馬步勇：作為健康設計領域的專家，我深知傳統健康設計主要依賴于靜態的晶體結構，即“基于結構的健康設計”（SBDD）。然而，隨著研究的深入，我們提出了構象選擇理論，即一種基于動態構象的健康設計方法。構象選擇理論揭示了蛋白質在執行功能時會選擇性地采用特定構象，使其與其他分子相互作用并完成特定的生物學功能，是從基于結構的診療設計到基于動態構象的診療設計的重要基礎。

問：那這次全新的 AI 蛋白質動態構象模型 DeepConformer，我們了解到在預測蛋白質結構動態變化、加速健康研發方面有非常優異的表現，這是如何實現的？

菲鵬數輝馬步勇：DeepConformer的底層邏輯是AI蛋白質動態構象預測。

我們知道，在當下的技術領域，對蛋白質動態構象的預測優勢顯著。

首先，它能夠識別多種構象，克服了傳統方法僅關注靜態結構的局限性。由于蛋白質在功能上能夠展現出不同的構象，動態構象設計能夠捕捉這些變化，進而分析診療與不同構象的結合效果。這不僅增加了診療設計的特異性，還提高了診療與特定構象的親和力。

在靶點優化方面，多構象識別同樣具有巨大潛力。通過識別和利用蛋白質的不同構象，我們能夠發現更多潛在的診療設計靶點，從而擴大診療設計的空間。此外，結合人工智能和分子模擬技術，我們可以高效地進行篩選和優化，提高開發的成功率和效率。

04

展望菲鵬數輝：引領研發與AI融合新浪潮

問：那您對未來研發領域的發展趨勢有什么樣的預測和展望，菲鵬數輝會如何把握這些機遇和挑戰？

菲鵬數輝馬步勇：作為菲鵬數輝的引領者，我深切感受到大數據、基因組學和生物信息學的蓬勃發展如何推動了人工智能在研發領域的廣泛應用。回想起二三十年前，計算生物學和計算化學剛剛起步，計算機輔助健康設計在國際領域嶄露頭角。如今，計算化學/分子模擬已深度融入到研發的每一個環節，同樣，人工智能也在研發的各個階段發揮著至關重要的作用。

特別在多靶點設計方面，人工智能的結合帶來了前所未有的機遇，結合生物技術和基因編輯的突破，我們能夠將這種技術應用于從小分子、大分子到細胞療法的廣闊領域。對于臨床試驗，我認為如果與早期研發緊密結合，其意義將更加深遠。

在菲鵬數輝，我們不僅僅關注生物技術本身，更重視整個人工智能在生物制造和生物合成領域的潛力。為了把握這些機遇，我們制定了五大戰略：

首先，我們致力于技術創新和研發投入，這是我們在高速迭代的人工智能領域立足的基石。

其次，我們積極尋求國際合作，推動數據共享和模型交互，共同推動行業進步。

再次，我們重視服務創新，確保我們的技術和服務能夠迅速適應市場需求。

另外，我們注重人才培養和團隊建設，努力構建一支既具備技術創新能力又能夠服務客戶的專業隊伍。

最后，我們也進行合理的商業布局，確保數輝在技術創新和商業發展之間找到最佳平衡點。

未來，數輝將繼續在研發和人工智能在生物領域的應用上探索前行，為人類健康事業貢獻我們的智慧和力量。

05

攜手菲鵬數輝：期待更多創新突破及市場價值顯現

問：菲鵬數輝的技術在業界已處于前沿、領先地位，您會考慮技術市場化、讓菲鵬數輝接受市場投資嗎？

菲鵬數輝馬步勇：在面臨眾多挑戰與機遇的當下，我深知市場投資對于菲鵬數輝發展的重要性。它不僅能助力我們迅速擴大業務規模，特別是在動態構象設計、大分子、小分子適配體等領域，讓核心技術得到更廣泛的應用。同時，市場投資也是我們加速技術研發、提升市場競爭力的強大動力。

隨著行業內的競爭日益激烈，越來越多的企業加入其中，從各個角度尋求解決方案。在這種環境下，我堅信，有了資金的支持，我們能夠更好地進行市場推廣和品牌建設，從而在市場中脫穎而出。

未來，我希望能夠與大家保持緊密的聯系，增進相互了解，共同提升菲鵬數輝的技術實力。我們追求的不只是眼前的成功，更是長遠的價值和持續的發展。讓我們攜手前行，共創美好未來。

結語

訪談間，菲鵬數輝的團隊成員親切稱呼他“馬老師”。我們也在與馬老師的深入對話中，感受到他對菲鵬集團以及菲鵬數輝未來發展的堅定信念和對市場投資價值的深刻理解。

馬老師精深的學識、對學術鉆研的赤子之心，令人神往。相信不久的將來，菲鵬數輝定能在動態構象設計、大分子、小分子、適配體等領域取得更多突破，將核心技術應用于更廣泛的領域，推動公司業務快速發展。

希望與菲鵬集團、菲鵬數輝保持緊密聯系，共同見證其品牌建設的成就和市場推廣的成效。感謝馬老師的分享，期待菲鵬數輝精彩下一站。

菲鵬集團是一家全球領先的生命科學組織，專注于提供體外診斷、創新生物制藥與治療、智能數字診療等解決方案與服務。在體外診斷領域，菲鵬致力于為客戶提供原料、開放儀器平臺和試劑解決方案的一站式服務，現已發展成為行業領先的體外診斷上游平臺企業。同時，菲鵬在制藥和AI算法平臺上不斷創新，結合豐富的數據洞察，助力構建一個更加健康和美好的世界。

菲鵬數輝是菲鵬集團旗下一家以高性能計算和人工智能為核心的創新型生物設計公司，致力于將人工智能與分子模擬技術相結合并廣泛應用于大分子的設計與調控。作為行業領先的蛋白質動態構象專家，菲鵬數輝以全新的蛋白質動態構象模型 DeepConformer 及蛋白分子模擬雙引擎的模式，推動生命科學前沿探索，實現了蛋白質動態構象預測的精準與高效。同時，公司在獲取蛋白質分子的動態特征、探索蛋白質分子的活性位點和功能機制上具備行業領先的優勢。

免責聲明：市場有風險，選擇需謹慎！此文僅供參考，不作買賣依據。